El Presidente del Consejo de Cuentas será designado  por las Cortes de Castilla y León por mayoría absoluta y a propuesta del Pleno del Consejo. El Presidente es elegido entre los cinco Consejeros que conforman el órgano de gobierno de la institución, por un periodo de tres años y pudiendo ser reelegido por un periodo igual.

En los casos de vacante, ausencia enfermedad o cualquier otra causa legal, el Presidente será sustituido en sus funciones por el Consejero de mayor antigúedad o edad, por ese orden.

El Presidente representa al Consejo, particularmente, en sus relaciones con las Instituciones de la Comunidad Autónoma y con el tribunal de Cuentas. Es quien convoca y preside el Pleno. Siempre que sea requerido para ello, deberá comparecer ante el Parlamento para exponer los resultados de los informes que se deriven de las actuaciones del organismo. Ejerce la superior dirección del personal del Consejo y le corresponde igualmente la autorización y disposición de gastos de la institución.

Por lo demás, entre sus atribuciones se encuentran todas aquellas que le reconozcan la Ley reguladora del Consejo o el propio Reglamento, así como aquellas que le atibuya el pleno.

El Presidente podrá delegar en el Secretario General el ejercicio de competencias relativas al personal, disposición de gastos y ordenación de pagos y las que ostenta como órgano de contratación , siempre dando cuenta de ello al Pleno.