El Consejo de Cuentas desarrolla sus funciones de fiscalización conforme al Plan Anual que aprueban las Cortes de Castilla y León para cada ejercicio. La propuesta de este Plan será elaborada tomando en consideración las dotaciones presupuestarias y los recursos materiales y personales disponibles en el ejercicio al que aquella se refiera, y será aprobada por el Pleno del Consejo de Cuentas, para su elevación al Parlamento.

El 20 de octubre de 2004 las Cortes de Castilla y León aprobaban el primer Plan Anual de Fiscalizaciones del Consejo.