El presidente del Consejo de Cuentas es designado por las Cortes de Castilla y León por mayoría absoluta a propuesta del Pleno del Consejo. Es elegido entre los tres consejeros que conforman el órgano de gobierno de la Institución, por un periodo de cuatro años, pudiendo ser reelegido por un periodo igual. En los casos de vacante, ausencia, enfermedad o cualquier otra causa legal, es sustituido en sus funciones por el consejero de mayor antigüedad o edad, por ese orden. El presidente representa al Consejo en sus relaciones con las instituciones de la Comunidad Autónoma y con el Tribunal de Cuentas, convoca y preside el Pleno. Siempre que sea requerido para ello, debe comparecer ante el Parlamento para exponer los resultados de los informes que se deriven de las actuaciones del organismo. Ejerce la superior dirección del personal del Consejo y le corresponde igualmente la autorización y disposición de gastos de la Institución. Por lo demás, entre sus atribuciones se encuentran todas aquellas que le reconocen la Ley reguladora del Consejo o el Reglamento de Organización y Funcionamiento, así como aquellas que le atribuya el Pleno. El presidente puede delegar en el secretario general el ejercicio de competencias relativas al personal, disposición de gastos y ordenación de pagos y las que ostenta como órgano de contratación, dando cuenta al Pleno. El actual presidente, Mario Amilivia González, tomó posesión del cargo el 22 de febrero de 2019.